基因合成已广泛用于癌症研究,从致癌信号通路的基础研究,到设计和开发可预防癌症的DNA疫苗或用于免疫肿瘤治疗的治疗性抗体。

基因合成加快从基本癌症生物学理论到具有治疗潜力的新化合物的转换,广泛用于疾病相关的细胞试验,在研究候选药物的动物模型中同样占有重要位置,贯穿了前期的实验到后期的临床试验。

此外,基因合成在癌症疫苗中也扮演着重要的角色,疫苗主要可以分为预防性抗病毒疫苗和治疗性抗肿瘤疫苗两类。预防性疫苗的目标是致癌病毒感染,以便在肿瘤形成之前消除致癌剂。全球约有10%的癌症可归因于病毒感染。例如FDA批准2种的预防性癌症疫苗,Gardacil和Cervarix,两者均针对引起大多数子宫颈癌的人乳头瘤病毒(HPV)特定菌株。

治疗性癌症疫苗旨在产生靶向的,免疫介导的抗肿瘤反应。在设计成功的抗肿瘤疫苗中,需要选择一种特异性抗原,为了避免危险的广泛自身免疫,这种蛋白质通常仅由癌细胞而非健康细胞表达。目前获得FDA批准的用于癌症治疗的疫苗是Sipuleucel-T(Provenge),它可以增强树突细胞对前列腺酸性磷酸酶(一种前列腺癌细胞过度表达的蛋白质)的反应。正在开发的抗肿瘤疫苗使用几种不同类型的抗原,包括切除的肿瘤细胞,纯化的肽抗原,编码抗原的DNA以延长抗原刺激的免疫反应,有时还包括病毒或细胞载体。

受体酪氨酸激酶(receptor tyrosine kinases,RTKs)的突变和过度活化是公认的导致癌症发展的主要原因。当下酪氨酸激酶抑制剂已经彻底改变了某些癌症的治疗方法,但是现有的TKI药物远非神药。为了研究RTK在癌细胞中的变化,TKI如何调节癌症生物学以及癌细胞如何发展对TKI药物的抗性,基因合成被广泛用于多种实验中。

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