针对目的蛋白设计T细胞相关抗原肽，将多肽逐步从两端截取为短肽，形成肽库，后将肽库混合成肽池，用以筛选T细胞最佳表位。T细胞截头肽库为筛选T细胞最佳表位提供了强有力的保证。
在大多数情况下，免疫治疗首先需要确定病毒或癌细胞上最具免疫刺激作用的表位。T细胞表位是短肽序列，长度从MHC I复合物上的8-11个氨基酸到MHC II复合物上的15-24个氨基酸不等。肽库是用于识别较大的表位中的短肽序列的理想工具，因为它们同时跨越数百种肽组合。T细胞截短肽库是独特的，因为它是由序列截短肽组合组成，从而确保整个T细胞表位是跨域的。这些截短的肽片段，通常从11-到8-mers，被汇集在一起。一旦确定了阳性细胞池，就可以对该池进行反容量，以确定T细胞表位序列。
使用金斯瑞的T细胞截短肽库工具，首先输入感兴趣的蛋白序列。然后，选择池中最长肽序列的长度（MHC I为11，MHC II最长可达24AA）。该工具将生成跨越整个序列长度的11-mer、10-mer、9-mer和8-mer肽池（或对于其他肽序列，长度将为n-mer、(n-1)-mer、(n-2)-mer和(n-3)-mer）。
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